A.因甲是国家机关工作人员，故甲是滥用职权罪的实行犯

B.因甲居于领导地位，故甲是徇私枉法罪的间接正犯

C.因甲实施了两个实行行为，故应实行数罪并罚

D.乙的行为同时触犯徇私枉法罪与帮助毁灭证据罪、滥用职权罪，但因只有一个行为，应以徇私枉法罪论处

正确答案： A、D

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答案解析:
A选项：根据《刑法》第397条规定，国家机关工作人员滥用职权或者玩忽职守，致使公共财产、国家和人民利益遭受重大损失的，是滥用职权罪。在本案中，甲作为国家工作人员，滥用职权致使丙未被追诉，进而未受到应该受到的惩罚，甲的行为触犯了滥用职权罪。因此，A选项正确。
B选项：根据《刑法》第399条规定，司法工作人员徇私枉法、徇情枉法，对明知是无罪的人而使他受追诉、对明知是有罪的人而故意包庇不使他受追诉，或者在刑事审判活动中故意违背事实和法律作枉法裁判的，是徇私枉法罪。由此可知，徇私枉法罪要求行为人具有司法工作人员的身份。在共犯中，若行为人不具有司法工作人员的身份，不可能成为徇私枉法罪的间接正犯。在本案中，甲不具有司法工作人员的身份，不满足徇私枉法罪的主体要件。因此，B选项错误。
C选项：在本案中，甲仅有一个行为即指使乙想办法使丙无罪，因此，不宜数罪并罚。因此，C项错误。
D选项：第一，乙实施了徇私枉法、滥用职权的行为，触犯徇私枉法罪和滥用职权罪；第二，乙又实施了毁灭证据的行为，触犯毁灭证据罪即一个行为触犯了三个罪名，依据刑法规定，滥用职权罪与徇私枉法罪之间是法条竞合的关系，按照法条竟合的处罚原则，徇私枉法罪作为特别法条应当优先适用。又由于徇私枉法罪与帮助毁灭证据罪是想象竞合犯，因此，应当择一重罪处罚，故乙触犯徇私枉法罪。因此，D选项正确。
综上所述，本题答案为AD。

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